一、介绍

Hi-C 技术源于基因组捕获技术（Chromosome conformation capture，3C），用于分析染色质三维空间结构的一种测序方法。

用途：

• 量化在三维空间中基因组的染色质间交联（cross-linked chromatin）
• 解析全基因组互作模式，如启动子和增强子互作
• 构建三维空间结构模型，如研究基因组三维结构特征：compartment，TAD，loop等
• 构建全基因组互作图谱
• 辅助提升基因组组装
• 构建基因组单体型图谱

二、原理及步骤

1、甲醛固定

先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固

一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30min，但是此步骤会减少限制内切酶对DNA序列的消化效率，需要严格控制。

2、酶切序列

用限制性内切酶切割基因组，打断后的片段大小会影响测序分辨率，一般有两种酶可供选择：6bp 的限制性内切酶，4bp 的限制性内切酶。后者具有更高的分辨率。EcoR1 或 HindIII 用于每4000bp切割一次基因组，在人类基因组中产生约100万个片段。

3、末端修复

得到的片段具有平末端或粘性末端，然后将末端补平修复，加入生物素。

4、连接及解交联

使用 T4 DNA连接酶连接互作片段，形成环状。将连接DNA片段的蛋白质消化掉，得到交联片段。

5、序列打断

使用超声波或其他方式，再次打断片段。

6、上机测序

用磁珠将带生物素的捕获，制作文库，上机测序。