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葡萄糖苷酶来源广泛,几乎所有以碳水化合物为能源的具有细胞结构的生物体内都有所存在。根据具有糖类活性的酶数据库(Carbohydrate-Active enZYmes Database,CAZy)依据蛋白质晶体结构的同源性与功能的相似性所进行的归类 ,可将现已发现的糖苷水解酶分为133个糖苷水解酶家族(GH1~GH133),其中,葡萄糖苷酶主要分布在GH1、GH3、GH4、GH5、GH9、GH13、GH17、GH30、GH31、GH63、GH97、GH116与GH122等糖苷水解酶家族中。
根据CAZy的具体分类,α-葡萄糖苷酶主要分布于GH4、GH13、GH31、GH63、GH97以及GH122六个家族中;而β-葡萄糖苷酶主要分布于GH1、GH3、GH5、GH9、GH17、GH30、GH116等七个家族中。