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分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟是一套结合物理,数学和化学的综合分子模拟方法,该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动,在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本,计算体系的热力学量和其他宏观性质。引入量子力学方法后,可将研究领域进一步扩展到反应机理的研究。分子动力学法是一种计算机模拟实验方法,是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟,研究者得到体系原子的运动轨迹,可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟,我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能,蛋白-小分子之间相互作用机理纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充,广泛应用于物理,化学,材料科学,生物医药等科学和技术领域。