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蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程调节着包括细胞增殖、发育、分化、信号转导、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩及肿瘤发生等过程在内的所有生命活动。发生磷酸化修饰的氨基酸上共价连接磷酸基团，其分子质量会增加发生79.97Da。利用质谱可测定分子量是否发生79.97Da的质量偏移，从而检测磷酸化修饰肽段及位点。
真核生物的所有蛋白质中，磷酸化蛋白质的占比约在 1/3 到 2/3 之间，但由于特定位点的磷酸化修饰程度可能从小于 1% 到大于 90% 不等，且通常较低，因此针对磷酸化修饰位点的定量分析一直存在着大的挑战。
利用高特异性的分离富集手段，从蛋白质组样品中实现磷酸化蛋白质组的分离富集，可以极大地提高磷酸化蛋白质组的分析深度。